清朝有一个部门，虽然没有军机处权利大，但却等同于第二个军机处

清朝的权力结构中，军机处无疑是核心决策机构，但还有其他几个机构在特定时期或领域内扮演着重要角色，其权力有时可与军机处相提并论。

首先，南书房在康熙时期是一个重要的权力中心。康熙十六年（1677年），康熙帝设立了南书房，最初是为了与翰林院词臣们研讨学问、吟诗作画。然而，由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，它逐渐演变成了一个由皇帝直接控制的核心机要机构。南书房的地位提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。

其次，理藩院在处理边疆事务方面拥有相当大的权力。理藩院负责交涉东亚内陆如内外蒙古、准噶尔、西藏、俄罗斯帝国等事务，主要防止边患形成。其编制与六部基本相同，官员大多由满族、蒙古族人担任，汉人只能担任堂主事、校正官等少数官职。理藩院的设立体现了清朝对边疆治理的重视，以及对不同民族地区采取的特殊政策。

再者，总理各国事务衙门（简称总理衙门）在清朝晚期成为处理对外关系的重要机构。鸦片战争之后，清朝为推行自强运动，于1861年成立了总理衙门，专门负责对外关系。总理衙门的设立标志着清朝外交制度的重大变革，它在处理与西方列强的关系、签订条约等方面发挥了重要作用。

最后，内务府作为管理宫禁事务的机构，虽然主要职责是处理内廷事务，但在某些时期也涉及到对外关系和贸易事务。内务府除管理本身内廷事务，也管理欧洲来华传教士、宗教使节团的事务以及国外贸易的传运征收特别税。

这些机构虽然在权力和影响力上可能不及军机处，但在特定领域内，它们的决策和执行能力同样不容忽视。清朝的权力结构是多元的，不同机构在不同历史时期扮演着不同的角色，共同构成了清朝复杂的行政体系。